La facciata è costituita dalla grande esedra che inglobava quella orientale del Foro di Traiano dalla quale era divisa, oltre che dal muro in peperino, anche da una strada basolata. Alle estremità di questa esedra erano due sale semicircolari, coperte da mezza cupola, forse utilizzate come scuole o auditori: nei Fori, infatti, nella tarda antichità, si svolgevano corsi di insegnamento superiore, che potevano avvalersi delle vicine biblioteche. L'esedra presenta in basso le aperture di 11 tabernae (botteghe) e due ingressi, alle estremità. Le porte delle botteghe hanno stipiti ed architravi in travertino e, al di sopra di ciascuna, è posta una finestrella che forniva l'illuminazione del cosiddetto mezzanino, un soppalco ligneo generalmente ricavato a metà dell'altezza totale del vano. Esso veniva in genere utilizzato come deposito delle merci, ma in alcuni casi, da parte dei commercianti più poveri, come dimora per la notte. Al di sopra delle tabernae si aprono delle finestrine ad arco: queste danno luce ad un corridoio coperto a volta lungo il quale si aprono 10 botteghe: queste proseguono, a nord, costituendo un'altra doppia fila su corridoio. In esse sono stati trovati depositi pieni di giare (dolia) e per questo motivo si è ipotizzato che qui si vendessero olio e vino. Il terzo piano dell'emiciclo era costituito da una terrazza dove si aprivano ancora delle botteghe, ma orientate in senso opposto rispetto alle precedenti, in direzione della strada antica basolata che si conserva ancor oggi splendidamente e costituisce, soprattutto nella parte che prospetta su Via Magnanapoli, un suggestivo spaccato di Roma antica. Questa strada, che si svolge in salita da N a S, è la Via Biberatica, ricordata solo nel Medioevo ma che doveva avere sin dall'antichità tale nome: biber nel latino tardo è un termine che significa "bevanda" (da bibere, bere), per cui si è pensato che le botteghe che la affiancavano vendessero bevande. Altri hanno voluto vedere nella parola la corruzione di piper, pepe, per cui si è supposto che i negozi fossero luoghi di vendita di spezie. Una scala porta dalla Via Biberatica ad un ambiente grandioso, il centro di tutto il complesso. L'aula principale è arditamente costruita con un'altezza di due piani, voltata con sei crociere: la sensazione di ariosità e di luce doveva essere paragonabile a quella propria delle aule basilicali. Questa struttura, non molto lontana dall'idea dei bazar orientali, può essere paragonata agli odierni centri commerciali. Al pianterreno si aprono file di sei botteghe per lato, mentre al piano superiore esse sono precedute da un corridoio. Sul lato sud della sala si può accedere ad una serie di ambienti su due piani che, proprio per questa disposizione appartata, sembrano aver avuto una diversa funzione all'interno del complesso: erano forse degli uffici destinati alla direzione dell'intera struttura. Recentemente in essi è stato realizzato l'Antiquarium del Foro di Traiano.

Nel 472 d.C. si ebbe l'invasione dei Suebi di Ricimero e alcune sue truppe si stanziarono nei Mercati. Nel 552 i Bizantini si impossessarono di Roma: fu allora che occuparono questo complesso e lo fortificarono. A lungo si credette che la Torre delle Milizie fosse la torre dalla quale Nerone aveva osservato l'incendio di Roma, declamando versi dell'Iliade: in realtà si tratta solo di una suggestiva fantasia priva di alcun fondamento in quanto la torre fu costruita sui Mercati intorno al 1200 (XIII sec. d.C.) a scopi difensivi. I ferri che è ancora possibile osservare sulla torre servivano nel Medioevo a sorreggere le fiaccole o le torce accese per dare il segnale ai soldati in caso di assalto. Più tardi servirono invece ad indicare festività solenni.